충전 순간은 사람과 차량이 고압 수소에 가장 가까이 있는 시점이라 작업 절차 하나하나가 안전장치다. 이동수단에 수소를 충전할 때에는 엔진 또는 연료전지를 정지시키고 이동수단이 움직이지 않도록 조치한다. 이동수단의 용기는 통상 온도에서 최고충전압력 이상으로 충전하지 않으며, 용기에 손상을 가할 우려가 없는 온도, 압력 및 유량으로 충전한다. 충전을 마친 후 충전설비를 분리할 경우에는 충전호스 안의 가스를 제거한다. 수소를 제조할 때에는 정제장치 및 압축가스설비의 출구에서 주요 성분에 대하여 1일 1회 이상 그 가스를 채취하여 지체 없이 분석한다. 선박에 수소를 충전하는 경우에는 풍랑 등이 심하지 않은 온화한 날씨에 충전작업을 하고, 충전작업 전에 정박 밧줄의 고정상태 등 선박의 정박상태를 확인하며, 충전 중에는 선박 보수작업이나 다른 선박의 접근을 금하고 충전장소 및 선박 주위에 충전작업 관련자 외의 출입을 금한다. 저장식 수소연료 충전의 경우 저장설비는 충전소 안의 지정된 장소에 두고 충전 중에는 정지목 등을 설치하여 움직이지 않도록 고정하며, 이동하는 경우를 제외하고는 저장설비를 충전소 외의 지역에 주정차하지 않는다.
고압가스 안전관리법 제13조제1항은 사업자등이 시설기준과 기술기준을 준수하도록 정하고 있고, 이를 위반하면 같은 법 제40조제3호에 따라 1년 이하의 징역 또는 1천만원 이하의 벌금에 처한다. 제16조제1항부터 제3항까지에 따른 중간검사·완성검사를 받지 아니하면 같은 법 제40조제6호에 따라 1년 이하의 징역 또는 1천만원 이하의 벌금, 제16조의2제1항에 따른 정기검사나 수시검사를 받지 아니하면 같은 법 제42조제4호에 따라 300만원 이하의 벌금에 처한다. 업무상 과실로 고압가스시설을 손괴한 자는 같은 법 제38조제2항에 따라 2년 이하의 금고 또는 2000만원 이하의 벌금, 그 죄를 범하여 가스를 누출시키거나 폭발하게 함으로써 사람을 상해에 이르게 하면 같은 조 제3항에 따라 10년 이하의 금고 또는 1억원 이하의 벌금, 사망에 이르게 하면 10년 이하의 금고 또는 1억5000만원 이하의 벌금에 처한다. 법인에는 같은 법 제42조의2 양벌규정에 따라 같은 조문의 벌금형이 함께 부과된다.
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