선내는 신고를 해도 배에서 내릴 수 없는 폐쇄된 생활공간이라, 괴롭힘 신고 뒤의 조사와 분리 조치가 늦으면 피해선원이 행위자와 계속 같은 공간에 남아 정신건강 피해가 커진다. 누구든지 선내 괴롭힘 발생 사실을 알게 된 경우 그 사실을 선박소유자에게 신고할 수 있다. 선박소유자는 신고를 접수하거나 선내 괴롭힘 발생 사실을 인지한 경우에는 지체 없이 당사자 등을 대상으로 그 사실 확인을 위하여 객관적으로 조사를 실시하여야 하며, 다만 해당 선박이 조업 중, 항해 중 또는 외국 항만에 있는 경우에는 피해를 입은 선원 또는 피해를 입었다고 주장하는 선원(피해선원등)의 의견을 들어 다음 기항 예정 항만 또는 국내 항만 입항 시 조사를 실시할 수 있다. 선박소유자는 조사 기간 동안 피해선원등을 보호하기 위하여 필요한 경우 근무장소의 변경, 유급휴가 명령 등 적절한 조치를 하여야 하고, 이 경우 피해선원등의 의사에 반하는 조치를 하여서는 아니 된다. 조사 결과 선내 괴롭힘 발생 사실이 확인된 때에는 피해선원이 요청하면 근무장소의 변경, 배치전환, 유급휴가 명령 등 적절한 조치를 하여야 한다. 또한 조사 결과 발생 사실이 확인된 때에는 지체 없이 행위자에 대하여 징계, 근무장소의 변경 등 필요한 조치를 하여야 하며, 징계 등의 조치를 하기 전에 그 조치에 대하여 피해선원의 의견을 들어야 한다. 선박소유자는 선내 괴롭힘 발생 사실을 신고한 선원 및 피해선원등에게 해고나 그 밖의 불리한 처우를 하여서는 아니 된다. 조사한 사람, 조사 내용을 보고받은 사람 및 그 밖에 조사 과정에 참여한 사람은 조사 과정에서 알게 된 비밀을 피해선원등의 의사에 반하여 다른 사람에게 누설하여서는 아니 되며, 다만 조사와 관련된 내용을 선박소유자에게 보고하거나 관계 기관의 요청에 따라 필요한 정보를 제공하는 경우는 제외한다.
「선원법」 제168조제1항제1호(벌칙): 선박소유자가 제25조의4제6항(신고 선원·피해선원등에 대한 불리한 처우 금지)을 위반하였을 때에는 3년 이하의 징역 또는 3000만원 이하의 벌금. 「선원법」 제179조제2항제3호의2(과태료): 제25조의4제2항·제4항·제5항 및 제7항을 위반한 선박소유자에게는 500만원 이하의 과태료.
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