충돌·좌초가 가장 많이 나는 순간은 항구 출입과 좁은 수로 통과인데, 이때 당직자에게만 맡겨 두면 판단이 늦어 배 전체가 위험해지므로 선장이 조종을 직접 잡도록 법이 정하고 있다. 선장은 항구를 출입할 때, 좁은 수로를 지나갈 때, 선박의 충돌ㆍ침몰 등 해양사고가 빈발하는 해역을 통과할 때, 그 밖에 선박에 위험이 발생할 우려가 있는 때로서 해양수산부령으로 정하는 때에는 선박의 조종을 직접 지휘하여야 한다. 선장은 이러한 때를 제외하고는 제60조제3항에 따라 휴식을 취하는 시간에 1등항해사 등 대통령령으로 정하는 직원에게 선박의 조종을 지휘하게 할 수 있다.
「선원법」 제164조제3호(벌칙): 제9조제1항을 위반하여 선박의 조종을 직접 지휘하지 아니한 선장은 1년 이하의 징역 또는 1000만원 이하의 벌금.
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