의료폐기물은 발생한 때부터 전용용기에 넣어 내용물이 새어 나오지 않도록 보관해야 하며, 투입이 끝난 전용용기는 밀폐 포장해야 한다. 한번 사용한 전용용기는 다시 사용할 수 없고, 봉투형 용기에는 용량의 75퍼센트 미만으로 넣어야 한다. 격리의료폐기물·조직물류폐기물·손상성폐기물·액체상태 폐기물은 합성수지류 상자형 용기를, 그 밖의 의료폐기물은 봉투형 또는 골판지류 상자형 용기를 쓴다. 용기 바깥쪽에는 의료폐기물임을 나타내는 도형(격리=붉은색, 위해·일반의료폐기물 봉투형=검정색·상자형=노란색, 재활용 태반=녹색)과 취급 시 주의사항을 표시해야 한다. 보관기간은 격리 7일, 조직물류·병리계·생물화학·혈액오염·일반의료폐기물 15일, 손상성 30일, 치아 60일이다. 조직물류폐기물은 전용 냉장시설에서 섭씨 4도 이하로, 그 밖의 의료폐기물은 밀폐된 전용 보관창고에 보관한다. 보관창고 바닥과 안벽은 물에 견디는 자재로 하고, 소독약품·분무기 등 소독장비를 갖추며 냉장시설에는 온도계를 붙이고, 주 1회 이상 약물소독하며, 밖에서 보이지 않는 구조로 외부인 출입을 제한하고, 폐기물 종류·양·보관기간을 적은 표지판을 설치해야 한다.
폐기물의 처리 기준과 방법(폐기물관리법 제13조)을 위반해 의료폐기물을 처리한 경우 같은 법 제66조에 따라 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금.