사업장에서 발생한 지정폐기물 중 폐산·폐알칼리·폐유·폐유기용제·폐촉매·폐흡착제·폐흡수제·폐농약 등은 보관 시작일부터 45일, 그 밖의 지정폐기물은 60일을 초과하여 보관할 수 없다(사업장일반폐기물은 90일). 지정폐기물 보관창고·보관용기에는 폐기물 종류·보관가능용량·보관기간·관리책임자·취급 주의사항을 적은 노란색 바탕의 보관표지판(60x40cm 이상, 소형 용기는 15x10cm 이상)을 잘 보이는 곳에 설치해야 한다. 종류가 다른 폐유독물질은 반응성을 고려해 구획 보관하고 보관시설에 환기설비를 갖춘다.
사업장폐기물배출자는 폐기물관리법 제17조제1항제1호의2에 따라 모든 폐기물을 제13조의 처리 기준(별표5의 보관 기준·보관기한 포함)에 따라 관리할 의무가 있으며, 이를 위반하여 폐기물을 보관·처리한 경우 같은 법 제66조에 따라 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금.