연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제19조가 '대통령령으로 정하는 절차·방법에 따라 실시하라'고만 하는데, 그 절차는 이 지침에 있다. 사전유해인자위험분석은 네 단계로 이루어진다 — ① 연구실 안전현황 분석 ② 연구활동별 유해인자 위험분석 ③ 연구실 안전계획 수립 ④ 비상조치계획 수립. 실시 시기는 연구활동을 시작하기 전이며, 연구활동과 관련된 주요 변경사항이 생기거나 연구실책임자가 필요하다고 인정하면 추가로 실시한다. 1단계 안전현황 분석은 기계·기구·설비 사양서, 물질안전보건자료(MSDS), 연구 내용과 방법(기계·기구 사용법 포함)과 사용 물질에 관한 정보, 필요한 보호구와 안전설비에 관한 정보 등을 활용해 하고 별지 제1호서식(연구실 안전현황표)에 적는다. 2단계는 연구활동별(실험·실습 또는 연구과제별) 유해인자 위험분석을 해서 별지 제2호서식에 적고, 이어서 연구개발활동안전분석(R&DSA)을 해서 별지 제3호서식에 적는다. R&DSA 보고서는 연구·실험 절차를 순서대로 놓고 그 절차마다 위험분석·안전계획·비상조치계획을 적는 표이며 보존기간은 연구종료일부터 3년이다. 3단계 안전계획에는 유해인자의 안전한 취급·보관 조치, 폐기방법, 안전설비와 개인보호구 활용 방안을 넣는다. 4단계 비상조치계획에는 화재·누출·폭발 등 비상사태가 났을 때의 대응 방법과 처리 절차를 넣는다. 연구실책임자는 1·2단계 결과를 연구활동 시작 전에 연구주체의 장에게 보고한다. 연구주체의 장은 보고서를 종합·확인해 별지 제4호서식의 관리대장에 문서번호를 매겨 관리·보관하고, 사고가 나면 보고서 중 유해인자의 위치가 표시된 배치도 등 필요한 부분을 사고대응기관에 즉시 제공해야 한다. 연구실책임자는 보고서를 연구실 출입문 등 연구활동종사자가 쉽게 볼 수 있는 곳에 게시할 수 있다. 분석에는 그 연구실의 연구활동종사자와 안전 관련 전문가의 의견을 반영할 수 있다.
사전유해인자위험분석 미실시는 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제46조에 따라 과태료. 연구실책임자는 법 제19조에 따라 실시하고 연구주체의 장에게 보고할 의무가 있다.