의료폐기물은 담는 용기가 새거나 찢어지는 순간 감염 위험이 그대로 사람에게 옮겨가므로, 용기의 재질과 구조 자체가 방호 수단이다. 의료폐기물 전용용기의 종류는 봉투형용기와 상자형용기로 구분하며, 봉투형용기의 재질은 합성수지류로 하고 상자형용기(내부주머니를 포함한다)는 그 재질에 따라 골판지류와 합성수지류로 구분한다. 봉투형 용기는 합성수지류(폴리에틸렌), 상자형 용기의 외부용기는 골판지류 또는 합성수지류(폴리프로필렌 또는 폴리에틸렌), 내부주머니는 합성수지류(폴리에틸렌)를 재질로 한다. 봉투형 용기(내부주머니 포함)는 폴리에틸렌 재질의 튜브모양 필름을 사용하여 제작하며 중간에 이음이나 구멍 찢어짐, 접착불량이 없어야 하고, 용기 사용 후 그 자체로 묶을 수 있는 구조로 하되 용기 내부의 내용물이 밖으로 유출되지 않는 구조여야 한다. 검사방법으로 봉투형 용기는 두께·치수·용량·재질·인장강도 및 신장률·인열강도·누수시험을 하며, 누수시험은 용기접합 부분이 완전히 잠기도록 물을 채운 다음 1분간 방치하여 봉투의 밑면에서 물방울이 떨어지지 않는 것을 육안으로 확인한다. 전용용기의 종류별, 재질별, 용량별 1회 신청량을 1검사건수로 하고, 검사 신청한 전용용기의 겉모양, 구조, 색상 및 표시사항 등을 확인한 후 시료를 채취한다.
「폐기물관리법」 제13조 및 제66조·제68조 — 기준에 맞지 아니한 전용용기를 사용하여 의료폐기물을 보관·운반한 자에게 징역·벌금 또는 과태료