원양어선은 원거리ㆍ장기 조업으로 침몰ㆍ전복ㆍ해상추락 위험이 큰 사업장으로, 원양어업자는 안전한 조업을 위하여 원양어선의 안전관리지침을 작성하여 해양수산부장관에게 제출하고 선박에 비치하여야 하며, 보완 요구를 받으면 그 내용을 반영하고 준수 여부에 대한 정기ㆍ수시 점검을 받는다. 원양어업자는 안전관리지침의 수립ㆍ이행 및 원양어선의 안전운항을 위하여 안전관리책임자를 두어야 한다. 해사안전감독관이 안전관리지침 준수ㆍ이행 상태를 확인하고 원양어선에 출입하여 안전검사ㆍ조사를 할 때 원양어업자는 이에 협조하여야 하며, 안전 확보를 위한 출항정지 명령을 받을 수 있다. 불법ㆍ비보고ㆍ비규제 어업 등으로 분류된 고위험군 선박은 특별관리 대상이 된다.
안전관리지침 미작성ㆍ미비치, 안전관리책임자 미선임, 안전검사 불응 등은 원양산업발전법에 따라 벌칙ㆍ과태료가 부과될 수 있다(위반 유형별로 상이)