특별관리물질(발암성·생식세포 변이원성·생식독성 물질)은 관리대상 유해물질 중에서도 관리 수준이 높다. 교육: 특별관리물질을 취급하는 근로자 및 배치 예정 근로자에게 특별안전보건 교육을 16시간 이상 실시하되 최초 작업에 종사하기 전 4시간 이상 실시하고 12시간은 3개월 이내에서 분할할 수 있다. 개인보호구: 발생 상태가 입자 상태면 특급 방진마스크, 가스 상태면 방독마스크, 입자상과 가스 상태가 혼합된 경우 방진기능을 가지는 방독마스크를 착용시킨다. 피부 노출을 막는 불침투성 보호복·보호장갑·보호장화를 쓰고, 착용이 곤란하면 피부 보호용 도포제를 갖추며, 눈에 접촉될 우려가 있으면 고글형 보호안경을 착용한다. 보호장비는 개인 전용으로 하고, 개인보호구의 수는 종사 근로자 수 이상으로 비치하며 보호구함을 설치해 관리하고, 오염된 보호구를 작업장 밖으로 반출할 때는 밀봉한다. 작업환경관리: 해당 공정이 분산 배치되지 않도록 하고 가능한 한 타 작업장과 격리하며 가능한 한 자동화한다. 작업상 필요한 개구부를 제외하고 완전히 밀폐시키고 보관 장소 등 밀폐된 작업 장소의 내부는 음압으로 유지하며, 음압 유지가 곤란하면 해당 부위에 국소배기장치를 설치한다. 국소배기장치: 후드는 발산원마다 설치하고 포위식 또는 부스식을 원칙으로 하며, 곤란하면 외부식·리시버식을 발산원에서 가장 가까운 위치에 둔다. 덕트는 짧고 굴곡을 적게 하고, 후드 → 덕트 → 공기정화장치 → 배풍기 → 배기구 순으로 설치하되 폭발·부식 우려가 없으면 배풍기를 공기정화장치 앞에 둘 수 있다. 공기정화장치는 고체흡착 방식, 연소 방식 또는 동등 이상의 성능이어야 하고, 배기구는 직접 외부로 향하게 하며 그 높이는 지붕으로부터 1.5m 이상이거나 공장건물 높이의 0.3∼1.0배 이상으로 해 재유입·확산을 막는다. 국소배기장치는 작업 중 계속 가동하고 작업시작 전과 종료 후 일정시간 가동한다.
이 지침은 권고이나 관리대상 유해물질 국소배기장치의 설치(산안규칙 제422조), 특별관리물질 취급 시 조치(제439조 이하), 안전보건교육(산업안전보건법 제29조)은 법정 의무이며 위반 시 같은 법 제168조·제175조에 따라 처벌·과태료가 부과된다.