수소충전소는 수소 제조·압축·저장·충전이 한 부지에 모인 시설이라, 설계 단계의 안전거리와 운영 단계의 긴급차단이 안전의 두 축이다. 충전소는 사용자·직원·주민에 대한 위험을 최소화할 위치에 설치하고, 인화성 혼합물 형성 방지·점화원 관리·누출 영향 완화를 설계 기준으로 하며, 연결 부위를 최소화해 누출을 막는다. 액체수소 저장 장치는 노출 시설별 안전거리 표를 유지하여야 한다. 비상 시 긴급차단장치가 작동해야 하며, 긴급차단장치는 위험 지역 밖에, 수소 누출의 영향을 받지 않는 곳에 두고, 액체수소는 자동 폐쇄형으로, 밀폐공간 사용 시에는 외부에서 작동할 수 있게 한다. 긴급차단장치가 작동하면 모든 펌프·압축기의 작동이 중단되어야 한다. 완충 탱크 화재에 대비해 내용물을 안전한 장소로 이송하는 열 감지 또는 수동 밸브를 설치한다. 지상 배관은 방식도장, 부식성 가스 배관은 내식 재료·부식여유·코팅으로 부식을 방지하고, 보온·보냉 배관의 빗물 유입·국부부식 부위에 부식방지조치를 한다. 충전호스·호스 어셈블리는 사용온도 -40~65 ℃·공칭 사용압력 70 ㎫에 적합한 와이어 또는 섬유강화 호스를 쓰고, 유지보수·안전조치·사용법 설명서를 제공하며 사용자는 주기적으로 교육을 받아야 한다. 소방설비는 위험지역 부근에 배치한다.
이 지침 자체는 권고다. 수소충전소의 시설·검사 기준은 「고압가스 안전관리법」과 「수소경제 육성 및 수소 안전관리에 관한 법률」의 법정 의무이고, 위반 시 해당 법의 벌칙·과태료가 적용된다