공정안전보고서의 안전운전계획에서 실제 사고를 막는 것은 절차서가 현장과 일치하는가다. 안전운전절차서는 해당 공정에 운전경험이 없는 운전원이라도 최소한의 지도만으로 운전할 수 있도록 명확하고 구체적으로 작성한다. 창고의 입고·포장·저장·출고 절차와 임시운전도 문서화하고, 공정설비·운전방법 변경 시 즉시 보완하며 변경 시 위험성평가를 수행한다. 비상정지·비상시 운전절차에는 가열매체·전기·냉각수·공기·불활성가스 공급 중단, 반응폭주, 제어시스템 파손, 배관 막힘, 자연재해 등 13가지 상황을 담는다. 운전부서장은 절차서가 현재의 운전상태를 반영하는지 매년 검토하여 승인하고, 운전원·정비원이 항상 쉽게 볼 수 있는 장소에 비치하며, 운전실에 공정개략도를 비치하고, 승인된 원본 1부와 사본의 배포기록을 유지한다.
이 규정 자체는 권고다. 공정안전보고서의 작성·제출과 내용 준수(산업안전보건법 제44~46조, 시행규칙 제50조 안전운전계획)는 법정 의무이고, 위반 시 「산업안전보건법」에 따라 처벌될 수 있다