구제역·조류인플루엔자 방역작업은 소독제 노출과 인수공통감염이 동시에 걸린다. 소독제별 사용농도와 작용시간: 탄산나트륨 — 사체·축사·환경·물탱크에 4% 농도로 10분(분변이 있는 곳에도 사용 가능하나 알루미늄 계통에는 사용하지 말 것). 수산화나트륨 — 사체·축사·환경·물탱크·차량·기계류·의복에 2% 농도로 10분(분변이 있는 곳에도 효과를 발휘하고 매우 효과적이나 차량 등 금속 부식성이 있고 눈과 피부에 자극이 있으므로 장갑·의복 등 보호용구를 착용하며 강산과 접촉을 피할 것). 이 밖에 산성제제(구연산 등)는 0.2% 농도로 30분, 다른 제제는 2-3% 농도로 10-30분, 0.2-0.4% 등 물질별로 농도와 작용시간이 다르므로 소독제별 사용농도와 작용시간을 지켜야 효과가 나고 과다 노출도 막을 수 있다. 방역 종사자는 보호구를 착용하고 작업 후 세척하며, 발열 등 증상이 있으면 즉시 보고하고 진료를 받는다.
이 지침은 권고이나 감염병 예방 조치 등(산안규칙 제594조), 보호구의 지급 등(제32조), 세척시설 등(제508조)은 법정 의무이며 위반 시 산업안전보건법 제168조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만원 이하의 벌금.