고위험병원체를 다루는 기관(연구실·병원·검사기관)의 의무다. 기관의 장은 취급시설 설치·운영 책임자, 고위험병원체 전담관리자, 생물안전관리책임자를 임명해야 하고, 허가를 받은 3·4등급 취급시설은 생물안전관리자를 반드시 지정해야 한다. 기관생물안전위원회를 위원장 1인·생물안전관리책임자 1인·외부전문가 1인을 포함한 5인 이상으로 구성해 생물안전관리규정 제·개정, 실험 위해성평가 심사·승인, 불활성화 이용을 심의하고 연 1회 이상 회의를 소집한다. 수송은 파손되지 않고 밀폐 가능한 1차 수송용기에 담아 3중 포장하고, 온도 등 수송조건을 유지하며 3차 포장용기에 주의사항·위해 표시를 부착하고 수송내역서를 첨부한다. 보존은 단위용기에 이름·식별번호·제조일을 표기하고 일반 병원체와 함께 보존하지 않으며, 보안잠금장치를 부착한 전용 보존상자·장비에 식별번호 순서대로 보존하고 취급·보존구역에 출입제한과 녹화·저장 기능이 있는 보안시스템(CCTV 등) 을 운영한다. 폐기는 고압증기멸균 등으로 사멸시킨 후 폐기물관리법에 따라 처리한다. 자체 안전점검은 상반기·하반기 연 2회 실시하고 사고대응 매뉴얼(경찰·소방·지정 의료기관 비상연락망 포함)을 현행화한다. 사고로 피해가 발생하면 매뉴얼에 따라 응급처치·비상조치를 하고 피해 발생일부터 30일 이내에 생물안전 사고보고서를 제출한다. 보안관리로 접근권한 부여와 미허가자 출입통제, 보안시스템 상시 작동과 매일 또는 주 1회 확인, 도난·유출 등 긴급 상황 시 즉시 경위 파악과 조치를 해야 한다.
감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제23조(고위험병원체 취급시설의 설치·운영 허가·신고) 및 관련 조항 위반은 같은 법의 벌칙·과태료 규정에 따른다. 변경신고를 하지 않은 경우 같은 법 제83조제1항에 따라 1천만원 이하의 과태료.